Усадьба известна с первой половины XVII века. В 1646 году её приобрёл П.Ф. Соковнин. Выбившиеся путём выгодных брачных союзов «из грязи в князи» Соковнины занимали высокие посты при дворе царя Алексея Михайловича. Но приверженность старообрядчеству повредила процветанию этого рода. Знаменитые раскольницы боярыня Морозова Феодосия Прокопиевна и княгиня Урусова Евдокия Прокопиевна – урождённые Соковнины.
В 1699 году Пётр I пожаловал вотчину Фёдору Головину, адмиралу и генерал-фельдмаршалу, участнику Великого посольства и главному руководителю российской внешней политики. Граф развернул в Молодях каменное строительство: господский дом со службами, церковь, парк с регулярной планировкой и всевозможными затеями: павильонами, беседками, гротами — в полном соответствии с тогдашними представлениями о загородной резиденции знатного вельможи.
После смерти графа ещё почти 80 лет усадьба передавалась из поколения в поколение по родственной линии.
При новых владельцах – Салтыковых, 1775 – 1778 годы – новый строительный период, был обновлён весь архитектурный ансамбль усадьбы, а к храму пристроены приделы и парные колокольни в классическом стиле.
После Салтыковых имение перешло к Домашневым, затем к помещице Кроткой, далее им владели Бестужевы, затем — лесопромышленник Бородин.
В конце XIX века часть усадебных построек была сдана в наём под дачи.
Сегодня от двухэтажной усадьбы сохранились только наружные стены, здание практически разрушено, у него провалилась кровля, обрушились перекрытия. В огромном пейзажном парке сохранились только намёки на лучевые аллеи и многочисленные пруды.